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安徽医科大学前身是创办于1926年5月的上海东南医学院。1949年底响应中共中央华东局“面向农村,走向内地”的号召,内迁安徽省,成为安徽省第一所高等医科院校。1952 年改名为安徽医学院。1996年6月经国家教委批准,更名为安徽医科大学。